針對明年元月一日起商港建設費改制為商港服務費後的收費標準，交通部航政司14日表示，同意接受業界意見，對於貨櫃本身及轉口櫃不收費，櫃裝貨物則比照一般貨物收費，不另訂收費標準，船舶部分至少降為每總噸收費0.5元。 而在貨物部分，交通部同意櫃裝貨櫃不另訂收費標準，依據一般貨物收費辦法收費。

對於貨物，訂有3個等級收費標準，以計費噸算，一級貨物僅收2元，二級收8元，三級收16元。一級貨主要是礦砂、煤炭、水泥、石灰、砂石等大宗貨，二級貨包括輪胎、橡膠、焦炭、柏油、紙漿及相關製品、穀物、糖、鹽等，三級貨則為機械、食品、儀器、原木及木製品、紡織品等。