交通部航政司官員告知航運團體，商港建設費自90年修正為商港服務費，航商增加的成本負擔，可轉嫁給貨主，放入貨櫃場作業費(THC)等附加費內，引起進出口廠商反彈。

中華民國託運協會指出，88年船公司調高貨櫃場作業費，全國進出口廠商一年額外支出的負擔，就高達近500億元，按照89年景氣不錯來看，此項開銷可能還會增加，若90年再將航商支付的商港服務費，轉嫁給進出口廠商吸收，將加重傷害台灣的中小企業。

中華民國託運協會指出，除了香港要以駁運方式裝卸貨櫃，收費較高，我國的貨櫃場作業費已是全球第二高地區，各船公司長久以來，一直用海運運費偏高，營運艱困等理由，調高貨櫃場作業費以挹注營收，航政主管機關採取照單全收態度。

台灣最大外銷市場的美國航線，從去年開始調高海運運費，有加收每個貨櫃1,000美元以上的紀錄；89年平均每櫃加收200-300美元不等。這項漲價案也不見主管機關要求航商應降低其他加收的附加費用，對進出口廠商明顯有差別待遇。